נולד לנפתלי הירץ, סוחר אמיד מהעיר נמירוב, וחיה לאנה[1], בת יצחק דנציג. בילדותו כונה "העילוי מנמירוב".[דרוש מקור] נישא לאסתר שיינדל (שילדה לו חמישה בנים ובת אחת) בתו של ר' דוד צבי אוירבך, רבה של שרהורוד, בן ר' אריה לייב הרב מסטינסלב וקרוב משפחה של ר' נחמן מהורדנקא. לאחר שגר שנתיים בבית חמיו, אביו ציפה שיצטרף לעסק המשפחתי. בשנת 1802 היה אמור לעבור לסניף של ברדיצ'ב, אך באותה שנה הגיע ר' נחמן לברסלב הסמוכה, ושמו עבר בין חבריו של ר' נתן. ר' נתן עם שניים מחבריו החליטו לנסוע לצדיק. ר' נתן מיד נקשר לרבו העתידי, הפך תלמידו הקרוב ביותר, וליווה אותו עד מותו של ר' נחמן בעיר אומן ב-1810.
וכך מסופר על התקרבותו של רבי נתן לרבי נחמן:
בין אברכי נמירוב, אליה שב רבי נתן, היו אף כאלה שטעמו את טעם החסידות. ובשיחותיהם בבית המדרש, פרצו ויכוחים לא מעטים בין אותם אברכים, לבין האברכים המתנגדים לחסידות, שרבי נתן היה מהבולטים שבהם. הם סיפרו לרבי נתן אותות ומופתים מרבותיהם ואת עבודת ה' העצומה שלהם, אולם רבי נתן לא הטה ליבו לסיפוריהם וביטלם במחי יד: 'עבודה?' אמר להם רבי נתן, 'עבודה אמיתית ראיתי אצל חמי, שארבעים שנה לא ישן על מיטה, ויומם ולילה הגה בתורת ה'. וכי אתם יודעים עבודה מהי...?' כך נמשכו הוויכוחים, עד שהחלו לשוחח עמו מעניין שמחה וחיוּת בעבודת ה'. כאן הייתה ידם על העליונה. לבו של האברך הלמדן הגדול, רבי נתן, ספוג היה בכאב משום כך בדיוק. חש היה שחסר הוא את החיות, את השמחה בעבודת ה'. ומשכך, לא ארכו הימים והחלו הדברים להיכנס לליבו. ותוך זמן קצר הפך רבי נתן לחסיד.
ר' נתן העלה על הכתב את כל התורות והמאמרים ששמע מר' נחמן. לאחר מותו ניסה ר' נתן לשמר את חסידות ברסלב. הוא תיקן עלייה לציון וקיבוץ חסידי בראש השנה. הוא היה נוסע בין קהילות החסידים בערים הסמוכות, וכן הדפיס את ספרי ר' נחמן. ר' נתן לא טען להיותו האדמו"ר של חסידי ברסלב, אלא המנהיג והמאחד, ולשיטתו הרבי נשאר תמיד ר' נחמן.
בשנת 1811הדפיס את הספרים ליקוטי מוהר"ן ו"ספר המידות". בשנים 1819–1821 קנה את כל הנדרש להקמת בית דפוס, והעמיד בית דפוס לא-חוקי בביתו, שם הדפיס את ליקוטי מוהר"ן, השלמת ספר המידות ותיקון הכללי בשנת 1821. כדי לא למשוך את תשומת השלטונות נכתב על הספרים שנדפסו באוסטרוה או במוהילב. ר' נתן עסק בהדפסת ספרים במשך כל ימיו, ובכך הפך את ספרי ברסלב לנפוצים ביותר בין ספרי החסידות. השפעתם יצאה אפילו מתחום החסידות ועברה לתחומים שונים, כמו ספרות ותיאטרון.
בשנת 1822, תוך כדי מלחמת העצמאות היוונית מטורקיה, יצא ר' נתן למסע לארץ ישראל ושהה בה מספר חודשים. את רשמיו העלה על הכתב ביומן מסע המתאר את חוויותיו. בשנתיים לאחר כתיבת היומן הוא החל לכתוב אוטוביוגרפיה על חייו מלידתו ועד מועד הכתיבה, ובשנים לאחר מכן עדכן את החיבור מדי פעם עד שנת ה'תקצ"ה (1835). שני החיבורים, יומן המסע וגם האוטוביוגרפיה עם ההוספות - הודפסו לאחר מותו בשני חלקי הספר ימי מוהרנ"ת.[2]
ר' נתן התקין אספת חסידים אצלו בברסלב בחג השבועות ובחנוכה. בשנים 1834–1838 התחדש גל רדיפות נגד חסידי ברסלב בניצוחו של רבי משה צבי גוטרמן מסאווראן. חסידי ברסלב נקראו כופרים, נאסר לאכול משחיטתם, להתחתן איתם ולרחם עליהם. הרדיפות פסקו אחר מותו של הרב גוטרמן. בזמן הרדיפות נעצר ר' נתן, רכושו הוחרם, נאסר עליו להתגורר בברסלב, והוא עבר לעיר הולדתו נמירוב.
בשנת 1838 חזר לברסלב, ובשנת 1844 (ה'תר"ה) נפטר ונקבר בכניסה לבית הקברות היהודי בעיר. את מקומו מילא אחר מותו ר' נחמן חזן מטולצ'ין, עליו אמר "זה שנשא עבורי את דליי המים - רבי נחמן מטולטשין - הוא ינהיג את העדה".
שיחות הר"ן - קובץ שיחות שנאמרו על ידי רבי נחמן בהזדמנויות שונות. בספר 308 שיחות ומאמרים, קצרים ברובם, המהווים מעין השלמה לעיקרי תורתו של רבי נחמן, המובאת בליקוטי מוהר"ן.
ימי מוהרנ"ת - ספר המתאר את קורות חייו בעיקר לאחר התקרבותו לרבי נחמן מברסלב ואת נסיעתו לא"י (המחבר קרא לו "ימי נתן", אך המהדיר קרא לספר "ימי מוהרנ"ת").
בשנת ה'תקצ"ה (1835) תפסה המשטרה הרוסית ארגזי ספרים של רבי נתן, ומאוחר יותר החזירה את רובם, אך חלקם אבדו. על הכתבים שאבדו נמנתה שכבת דרשות שלמה (המכונה "הלכה ה'") בספר ליקוטי הלכות חלק יורה דעה, על שמונה נושאים בין הלכות שחיטה להלכות דגים. בנוסף, אבדו תפילות רבות שכתב כתוספת על מהדורות הספר ליקוטי תפילות. לפי ההשערה כמות התפילות שאבדה שווה בכמותה לתפילות שנדפסו.[3] בנוסף כנראה רבי נתן כתב מחברת שאבדה ובה סיפור הרדיפות שחווה במסגרת ההתנגדות לתנועתו בשנים ה'תקצ"ה - ה'תקצ"ח (1835 - 1838).[4]
נתן בן נפתלי הירץ שטרנהרץ (1780–1844), מנמירוב, דף שער בספרייה הלאומית
