המועצה היא בת תשעה חברים. יושב ראש המועצה הוא נציג של שר הפנים, שאינו מקרב עובדי המדינה. כמו כן, יושבים בה נציג שר התעשייה המסחר והתעסוקה, נציג שר הבריאות, שלושה נציגים של הרשויות המקומיות הגובלות באתר התעשייתי ושלושה נציגים של המפעלים במועצה[1].
מבנה זה נועד ליצור איזון בין האינטרסים השונים של המפעלים ושל הציבור. 9 חברי המועצה לא נבחרים בבחירות, בדומה לרשויות מוניציפליות אחרות, אלא ממונים על ידי משרדי הממשלה.
בשונה מרשויות מוניציפליות אחרות, המועצה לא עוסקת בנושאי חינוך, רווחה ודומיהם, אלא רק מטפלת ומפקחת על המפעלים הקיימים בתחומה. מפעלי המועצה אינם משלמים ארנונה ליישובים הסמוכים, אלא משלמים אגרה למימון פעילות המועצה התעשייתית, אגרה זו נמוכה מתשלומי הארנונה המקובלים. המועצה נטולת מענקים ומתפקדת לפי הנחיות משרד הפנים ולפי חוק השלטון המקומי.
בקרב ארגוני איכות הסביבה קיימת ביקורת נוספת נגד המועצות התעשייתיות. לטענתם, מועצה תעשייתית היא מועצה של מפעלים שמפקחת על עצמה, ובכך האינטרס שלה הוא לשמור על המפעלים ולא על הסביבה והיישובים שסביבה. בכך היא שונה ממועצה מקומית רגילה שבה תושבי המועצה יכולים לפקח על פעילות המועצה.