מונגוליה משתתפת בכל המשחקים האולימפיים לנוער מאז היווסדם באולימפיאדת הנוער סינגפור (2010). לאורך השנים צברו ספורטאי הנוער המונגולים שישה מדליות, מתוכן שתי מדליות זהב. מונגוליה משתתפת גם במשחקי החורף האולימפיים לנוער. אולם, עד כה לא זכה ספורטאי נוער אולימפי מונגולי במדליה במשחקי החורף.
המשלחת הראשונה של מונגוליה למשחקים האולימפיים לנוער הייתה לאולימפיאדת הנוער סינגפור. המשלחת כללה 11 ספורטאים שהתחרו בשבעה ענפי ספורט. המשלחת זכתה בשתי מדליות זהב. המשלחת הגיעה להישגים נאים בענפים התעמלות עם זכייה במדליית זהב בתרגיל הקפיצות לנערים וסיום במקום החמישי בגמר תרגיל הטבעות, והיאבקות עם זכייה במדליית זהב בקטגוריית משקל עד 60 ק"ג נערות בסגנון חופשי. בענף הג'ודו המשלחת דורגה במקום החמישי בקטגוריית משקל עד 66 ק"ג נערים. ספורטאי המשלחת התחרו גם בענפים אגרוף, אתלטיקה, טריאתלון ושחייה אך לא הגיעו להישגים משמעותיים.
המשלחת לאולימפיאדת הנוער נאנג'ינג מנתה חמישה ספורטאים שהתחרו בארבעה ענפי ספורט. המשלחת זכתה במדליית כסף יחידה. המשלחת הגיעה להישגים בענפים היאבקות עם זכייה במדליית כסף בקטגוריית משקל עד 46 ק"ג נערות בסגנון חופשי, הרמת משקולות עם דירוג במקום הרביעי בקטוגריית משקל עד 63 ק"ג נערות וקליעה בה העפילה לגמר ודורגה במקום השמיני בירי מ-10 מטרים ברובה אוויר לנערות. ספורטאי המשלחת התחרו גם בענף הג'ודו אך לא הגיעו להישגים משמעותיים.