רטרוטרנספוזון
רטרוטרנספוזונים (מכונים גם רטרופוזונים) הם רצפי DNA ניידים שנעים בתוך הגנום על ידי כך שהם ממירים את ה־RNA שלהם, שתועתק מ־DNA, בחזרה ל־DNA, באמצעות רוורס טרנסקריפטאז. בניגוד לטרנספוזונים ממחלקה II (Class II), שנקראים גם "טרנספוזונֵי DNA", רטרוטרנספוזונים משתמשים בְּ־RNA כמתווך כדי להעתיק את עצמם למקום נוסף בגנום, ובתהליך ההעתקה, העותק הקודם נשאר במקומו ללא שינוי. לרבים מהרטרוטרנספוזונים יש אזורי חזרות ארוכות בקצותיהם (Long Terminal Repeats ובקיצור LTRs), אזורים שיכולים לכלול למעלה מ־1,000 חזרות כל אחד. כמו שאר הטרנספוזונים, הם יוצרים חזרות ישירות באתר החדירה שלהם לגנום, חזרות שניתן להשתמש בהן כדי לזהות אותם. משערים ש־40% מהגנום האנושי כולל רטרוטרנספוזונים. רוב הרטרוטרנספוזונים בתאים אנושיים אינם פעילים עקב צבירת מוטציות רבות, ורובם מצויים באינטרונים.
מספר וירוסים, דוגמת HIV ו־HTLV-1, מתנהגים כמו רטרוטרנספוזונים ומכילים רוורס טרנסקריפטאז וגם אינטגראז, שהוא המקבילה הנגיפית של טרנספוזאז.
פסאודוגנים (נקראים גם Long Interspersed Elements ובקיצור LINE), הם מקטעי DNA ארוכים שמייצגים מולקולות RNA שעברו תעתוק לאחור (באמצעות רוורס טרנסקריפטאז) לאחר ששועתקו על ידי RNA פולימראז II ל־mRNA. הפסאודוגנים אינם מכילים אקסונים אולם יכולים לקודד לרוורס טרנסקריפטאז או אינטגראז, עובדה שמאפשרת להם להעתיק את עצמם כמו גם גנים נוספים.
מכיוון שהפסאודוגנים נעים על ידי העתקת עצמם (בניגוד לטרנספוזונים שרק נעים ממקום למקום בגנום), הם מגדילים את הגנום. הגנום האנושי מכיל, לדוגמה, 500,000 פסאודוגנים, שהם בערך 16% של הגנום. הפסאודוגנים משמשים לזיהוי טביעת אצבעות גנטית (genetic finger printing).
מקטעי DNA קצרים שמכונים short interspersed elements ובקיצור SINES מפוזרים אף הם בגנום. הם מייצגים מולקולות RNA קצרות ששועתקו על ידי RNA פולימראז III במקור כדי ליצור tRNA (המולקולה שאחראית על תרגום RNA לחלבונים), rRNA (מרכיב מבני של הריבוזום) ומקטעי RNA גרעיניים אחרים. ה־SINEs הנפוצים ביותר מכונים אלמנטים מסוג Alu, מקטעים שאורכם 300 זוגות בסיסים, שאינם מכילים רצף מקודד, וניתן לזהותם על ידי אנזים ההגבלה AluI (מכאן השם). מעריכים שישנם כמיליון עותקים בגנום ולפיכך הם מהוים 11% מהגנום האנושי.
רצפי ה־LINE־ים וה־SINE־ים מכונים DNA אנוכי, והיוו חלק ממה שכונה בעבר DNA זבל (junk DNA), מפני שלא ברור מהו תפקידם הביולוגי. מעריכים כי הכנסת רצפים חוזרניים אלו לגנום העניקה יתרון סלקטיבי כלשהו לאורגניזמים הנושאים אותם, הואיל ואחרת הם היו נעלמים במהלך האבולוציה, בהתאם לעקרון הברירה הטבעית. במחקרים שנערכו לאחרונה מוצאים לרטרוטרנספוזונים, כגון Alu, תפקידים בבקרת ביטוי גנים. כמו כן, ישנן הערכות שאבולוציה של אזורי בקרה קושרי חלבון בגנום, כגון פרומוטורים החלה עם הכנסת מוטציות לרצפים חוזרניים, עקב יכולת חלק מהרצפים הללו לגייס חלבונים האחראיים לביטויים ולהעתקתם ממקום למקום ברחבי הגנום.
