במהלך שנות ה-90 וראשית שנות האלפיים שימש סקוטי כיושב ראש הפרלמנט, כשר הבריאות וכשר המשפטים.
הוא נבחר לראשונה לנשיא ב-29 במאי2003, אך ממשלתו נפלה בהצעת אי אמון כבר ב-8 באוגוסט אותה שנה. עריקה של אחד מ-18 חברי הפרלמנט אפשרה את חזרתו לשלטון ב-2004.
המשימות העיקריות שנטל על עצמו סקוטי עם היבחרו היו חיזוק הכלכלה, לאחר שהמדינה כבר הייתה על סף פשיטת רגל, תשלום משכורותיהם של עובדי המדינה, שהוקפאו בשל המצב הכלכלי וחיזוק היחסים עם ארצות הברית. בתוך פחות מחודשיים הכריז על מצב חירום במדינה עקב המצב הכלכלי הקשה ופיזר את הפרלמנט. לאחר שבבחירות שהתקיימו ב-23 באוקטובר 2004 התחזקה מפלגתו הליברלית, הוא נהנה מאז מרוב מוצק יותר בפרלמנט, שאפשר לו לבצע מספר שינויים פרסונליים בממשלתו.
ב-19 בדצמבר 2007, סקוטי הודח שנית בהצעת אי אמון. הוא המשיך לכהן בפרלמנט, ונבחר לכהונה נוספת כחבר הפרלמנט בשנת 2008.