בשנת 1990 סקוטי חזר לרומא ומונה לשר הפנים. בשיתוף פעולה עם ג'ובני פלקונה ורודי ג'וליאני הוא הקים במשטרה יחידה מיוחדת שתפקידה היה לחימה עם קאמורה. בשנת 1992 הוא הוחלף על ידי ניקולה מנצ'ינו והחל לכהן כשר חוץ לתקופה של מספר חודשים.
בשנת 2006 סקוטי מונה ליושב ראש של "מפלגת המרכז". בבחירות 2008 המפלגה הצטרפה לסילביו ברלוסקוני. לאחר הבחירות סקוטי קיבל תפקיד במשרד החוץ. הוא עזב את המשרה בשנת 2011 והקים מפלגה "אנחנו הדרום".
במקביל לקריירה פוליטית סקוטי היה מלמד באוניברסיטה פרטית ברומא בשנים 1969–1995.