משחקי המפעל משוחקים מאז שנת 1998 שבה לקחה ההתאחדות לכדורגל על עצמה את ניהול כדורגל הנשים בישראל. בעונה הראשונה השתתפו 12 קבוצות ליגת הנשים שהוקמה בשנה זו.
במשך שלוש עונות (2010/2011, 2011/2012, 2012/2013) קיימה ההתאחדות לכדורגל מפעל גביע נפרד לקבוצות הליגה השנייה.
משחקי המפעל משוחקים בשיטת נוקאאוט, כאשר המנצחת עולה לשלב הבא והמפסידה מודחת מהמפעל. במפעל יכולות להשתתף כל קבוצות כדורגל נשים הרשומות בהתאחדות לכדורגל. במפעל כיום 5 סיבובים החל מהסיבוב הראשון בו מופיעות קבוצות מהליגה הלאומית בלבד, עד לגמר הגביע בו מוכרעת הזוכה. המפגשים בכל סיבוב נקבעים על ידי הגרלה בה נקבעת גם הקבוצה המארחת את המשחק, מלבד משחקי חצי הגמר והגמר הנערכים במגרש נייטרלי.