ג'וזף א' ג'ונסטון

ג'וזף אגלסטון ג'ונסטון
Joseph Eggleston Johnston

לידה	3 בפברואר 1807 פארמוויל , וירג'יניה, ארצות הברית
פטירה	21 במרץ 1891 (בגיל 84) וושינגטון, ארצות הברית
מקום קבורה	בית הקברות גרין מאונט
מדינה	ארצות הברית
כינוי	"ג'ו"
השכלה	האקדמיה הצבאית של ארצות הברית
השתייכות	צבא ארצות הברית צבא הקונפדרציה
תקופת הפעילות	1829–1861 (צבא ארצות הברית) 1861 – 1865 (צבא הקונפדרציה)
דרגה	בריגדיר ג'נרל (צבא ארצות הברית) גנרל (צבא הקונפדרציה)
תפקידים בשירות
מלחמת האזרחים האמריקנית מפקד ארמיית שננדואה (1861) מפקד ארמיית צפון וירג'יניה (1861–1862) מפקד זירת המערב (1862–1863) מפקד ארמיית טנסי (1863–1864) מפקד זירת קרוליינה הדרומית, ג'ורג'יה ופלורידה (1865) מפקד זירת קרוליינה הצפונית ודרום וירג'יניה (1865)
פעולות ומבצעים
מלחמת מקסיקו - ארצות הברית קרב סרו גורדו קרב צ'אפולטפק מלחמות הסמינול מלחמת האזרחים האמריקנית קרב בול ראן הראשון מערכת חצי האי המצור על יורקטאון קרב סבן פיינס מערכת ויקסבורג מערכת אטלנטה קרב בנטונוויל
תפקידים אזרחיים
חבר בית הנבחרים של ארצות הברית מטעם המחוז ה-3 של וירג'יניה

ג'וזף אגלסטון ג'ונסטון (באנגלית: Joseph Eggleston Johnston) היה קצין מקצועי בצבא ארצות הברית, אשר שירת בהצטיינות במלחמת ארצות הברית–מקסיקו (1846–1848), במלחמות הסמינול, וכן היה אחד הגנרלים הבכירים ביותר בצבא הקונפדרציה בזמן מלחמת האזרחים האמריקנית (1861–1865). הוא אינו קרוב משפחה של אלברט סידני ג'ונסטון, גנרל בכיר אחר בצבא הקונפדרציה אשר שירת בזירה המערבית ונהרג בקרב שילה בשנת 1862.

ג'ונסטון הוכשר כמהנדס אזרחי באקדמיה הצבאית של ארצות הברית בווסט פוינט , ניו יורק, וסיים באותו מחזור עם רוברט אדוארד לי. הוא שירת בפלורידה, טקסס, וקנזס, לחם בהצטיינות במלחמת ארצות הברית–מקסיקו (1846–1848), ובשנת 1860 התקדם עד דרגת בריגדיר ג'נרל ושירת כקצין אפסנאות ראשי של צבא ארצות הברית. באפריל 1861, כאשר מדינת מולדתו וירג'יניה הכריזה על פרישה מן האיחוד בעקבות הקרב בפורט סאמטר אשר בנמל צ'ארלסטון, התפטר ג'ונסטון מתפקידו בצבא ארצות הברית, והיה לקצין האמריקני עם הדרגה הגבוהה ביותר אשר הצטרף לקונפדרציה. הוא עבר לצבא קונפדרציה עם דרגת הקצונה הבכירה ביותר שהייתה קיימת בזמנו גנרל מלא - שמקבילה כיום לדרגת גנרל עם 4 כוכבים. עם זאת, היררכיה פנימית בין בעלי דרגות זהות קובעת בכירות לפי סדר קבלת הדרגה. היות שהוא קיבל את הדרגה רביעי, לאחר שכבר שלושה גנרלים אחרים קיבלו אותה לפניו בצבא הקונפדרציה, הוא היה זוטר יחסית אליהם. הדבר הזה גרם לו אכזבה רבה, היות שהוא היה בכיר מהם בעת ששירת בצבא ארצות הברית.

האפקטיביות של ג'ונסטון במלחמת האזרחים נפגעה בעקבות מתחים עם נשיא הקונפדרציה ג'פרסון דייוויס, אשר ביקר אותו לעיתים קרובות על חוסר באגרסיביות, והניצחון חמק ממנו ברוב המערכות שעליהן פיקד באופן אישי. עם זאת, הוא היה קצין הקונפדרציה הבכיר בקרב בול ראן הראשון ביולי 1861, והבנתו את הפעולות הנדרשות, והפגנת המנהיגות על מנת להוציאן אל הפועל ולנצח בקרב, מיוחסות לעיתים לפקודו פ.ג.ט. בורגארד.

במהלך מערכת חצי האי בשנת 1862 הוא הגן על ריצ'מונד בירת הקונפדרציה, תוך כדי נסיגה אל מול כוחות עדיפים בהנהגתו של מייג'ור ג'נרל ג'ורג' מקללן מן האיחוד. בפעולה ההתקפית היחידה שלו במהלך המערכה, קרב סבן פיינס , ספג פציעה קשה, שלאחריה הוחלף בבן כיתתו מווסט פוינט, רוברט אדוארד לי.

בשנת 1863 פיקד ג'ונסטון על זירת המערב, וספג ביקורת רבה עקב חוסר היוזמה שגילה והכישלון במערכת ויקסבורג. בשנת 1864 נלחם ג'ונסטון מול מייג'ור ג'נרל ויליאם שרמן במערכת אטלנטה . אל מול אויב בעדיפות מספרית עצומה, האסטרטגיה של ג'ונסטון הייתה לסגת בכל פעם שעמד בסכנת כיתור או ניתוק של קווי האספקה שלו, בעודו מחפש הזדמנות להילחם בקרב הגנה מעמדה עדיפה. אף על פי שזכה בניצחון דחוק בקרב קֶנֶסוֹ מאונטיין מול שרמן, ההזדמנות לנהל קרב הגנה מכריע אל מול כוחות האיחוד מעולם לא הגיעה. ג'פרסון דייוויס, אשר מאס בנסיגותיו של ג'ונסטון משיטחי הקונפדרציה, העביר אותו מתפקידו לאחר שנסוג מצפון מערב ג'ורג'יה אל פאתי אטלנטה.

בימיה האחרונים של המלחמה חזר לפקד על הכוחות המועטים שנותרו לקונפדרציה אל מול שרמן במערכת הקרוליינות. ב-26 באפריל 1865, לאחר ניסיון כושל לעצור את התקדמותו של שרמן בקרב בנטונוויל, נכנע ג'ונסטון עם צבאו בחווה בנט פלייס (Bennett Place) אשר ליד דרהאם, קרוליינה הצפונית. שניים מיריביו העיקריים, גנרל יוליסס גרנט וגנרל ויליאם שרמן, כתבו בהערכה רבה על פעולותיו במהלך המלחמה, והפכו לידידים קרובים בשנים שאחריה.

לאחר המלחמה היה ג'ונסטון מנהל בכיר בעיסקי הרכבת והביטוח. הוא שירת תקופה אחת בבית הנבחרים של ארצות הברית מטעם הדמוקרטים, והיה הממונה על הרכבות תחת הנשיא גרובר קליבלנד. הוא נפטר מדלקת ריאות בה חלה לאחר ששירת כנושא הארון בהלווייתו של ויליאם שרמן, יריבו משכבר הימים וידידו לבסוף, אשר נערכה במזג אוויר סוער.

שנים מוקדמות

ג'ונסטון נולד ב-3 בפברואר 1807, בלוֹנְגווּד הָאוּס אשר ליד פארמוויל (Farmville), וירג'יניה. סבו, פיטר ג'ונסטון, היגר לווירג'יניה מסקוטלנד בשנת 1726. ג'ונסטון היה הבן השביעי של השופט פיטר ג'ונסטון (1763–1831) ומארי וָלנטין ווּד (1769–1825), אחיינית של פטריק הנרי, מושל וירג'יניה הראשון. הוא נקרא על שם מייג'ור ג'וזף אגלסטון (Joseph Eggleston), אשר תחתיו שירת אביו במלחמת העצמאות האמריקנית. אביו שירת בבריגדה של הנרי לי השלישי אביו של רוברט אדוארד לי. אחיו, צ'ארלס קלמנט ג'ונסטון, שירת כחבר קונגרס, ואחיינו, ג'ון וורפילד ג'ונסטון, היה סנטור; שניהם יצגו את וירג'יניה. בשנת 1811 עברה המשפחה לעיירה אבינגטון (Abington), וירג'יניה, ליד הגבול עם טנסי; שם בנה אביו בית אשר קרא לו פָּאנֵצ'ילו.

ג'ונסטון למד באקדמיה הצבאית של ארצות הברית. את ההמלצה לאקדמיה קיבל מאת ג'ון קלהון כאשר היה זה שר המלחמה, ימים לפני שמונה לסגן נשיא ב-1825. הוא סיים מדורג 13 מתוך 46 צוערים, קיבל דרגת סגן משנה, ומונה לרגימנט הארטילריה ה-4 בצבא ארצות הברית. לימים הפך לבוגר ווסט פוינט הראשון שקודם לדרגת גנרל בצבא הסדיר, והגיע לדרגה גבוהה יותר מאשר בן כיתתו רוברט אדוארד לי (אשר סיים מדורג 2 מתוך 46).

שירות בצבא ארצות הברית

ג'ונסטון התפטר מצבא ארצות הברית בשנת 1837 ופנה ללימודי הנדסה אזרחית. במהלך מלחמת הסמינולים השנייה הוא היה מהנדס טופוגרפיה אזרחי על ספינה בפיקוד ויליאם פופ מקארתור. ב-12 בינואר 1838, ליד ג'ופיטר (Jupiter), פלורידה, המלחים אשר ירדו לחוף הותקפו. ג'ונסטון סיפר שהיו "לא פחות משלושים חורי קליע" בבגדיו, וקליע אחד ששרט את קרקפתו והותיר צלקת אותה נשא בשארית חייו. לאחר שהיה מעורב ביותר פעילויות קרביות כאזרח מאשר בשירותו הצבאי כקצין ארטילריה, החליט ג'ונסטון לשוב אל הצבא. הוא נסע באפריל לוושינגטון הבירה, וב-7 ביולי 1838 מונה כמהנדס טופוגרפיה בדרגת סגן. באותו יום קיבל דרגת יצוג של קפטן בעקבות פעולותיו בפלורידה ובמשלחת החקר לאברגליידס (Everglades).

ב-10 ביולי 1845 נשא ג'ונסטון לאישה את לידיה מוליגן סימס מקליין (1822–1887), בתו של לואיס מקליין. אביה היה נשיא חברת הרכבת בולטימור-אוהיו, ופוליטיקאי בולט (חבר קונגרס וסנאטור מטעם מדינת דלוואר, שגריר בלונדון, וחבר קבינט בממשלו של אנדרו ג'קסון). לא היו להם ילדים.

ג'ונסטון היה נלהב מפריצתה של מלחמת ארצות הברית–מקסיקו. הוא שירת במטהו של לוטננט ג'נרל וינפילד סקוט בזמן המצור על וֶרָה קרוּז , ונבחר על ידו להיות השליח שיעביר את דרישת הכניעה למושל המחוז. הוא היה במשמר הקדמי בזמן התנועה אל עומק היבשת, תחת פיקודו של בריגדיר ג'נרל דייוויד א' טוויגס (David A. Twiggs), ונפצע קשה מפגיעת פגז רסס כאשר היה במשימת סיור לקראת קרב סֶרוֹ גוֹרדוֹ . הוא קודם לדרגת יצוג של לוטננט קולונל בעקבות פעולותיו בקרב סֶרוֹ גוֹרדוֹ. לאחר שהתאושש בבית חולים שדה, הוא הצטרף לצבא בפּּוּאבְּלָה. במהלך ההתקדמות לעבר מקסיקו סיטי הוא היה סגן המפקד של רגימנט חיל רגלים. הוא הצטיין בקרב קונטררס ובקרב צ'ורובוסקו , ונפצע שוב בקרב צ'פולטפק . הוא קודם פעמיים בעקבות ביצועיו בקרבות אלו, וסיים את המלחמה בדרגת יצוג של קולונל בצבא המתנדבים. (באותה תקופה הענקת דרגת יצוג הייתה דרך מקובלת לציין לשבח את פועלו של חייל בקרב. לאחר תום המלחמה חזר ג'ונסטון לדרגה בה החזיק בעת שלום – קפטן ביחידת מהנדסי הטופוגרפיה.) וינפילד סקוט העיר בהומור ש"ג'ונסטון הוא חייל מצוין, אבל למרבה הצער היה לו כישרון מיוחד לחטוף כדור כמעט בכול היתקלות." המכה הקשה ביותר שקיבל ג'ונסטון במהלך המלחמה הייתה מותו של אחיינו, פרסטון ג'ונסטון. כאשר בישר רוברט אדוארד לי לג'ונסטון על מותו של אחיינו בקרב קונטררס מפגיעת פגז ארטילריה מקסיקני, בכו שני הקצינים, וג'ונסטון התאבל על מותו בשארית חייו.

פורטרט של ג'וזף א' ג'ונסטון, מאת בנג'מין פרנקלין ריינהארט (1860 לערך).

ג'ונסטון היה מהנדס בזמן סקר גבול מקסיקו ארצות הברית בשנת 1841; הוא חזר לאזור כמהנדס הטופוגרפיה הראשי של מחלקת טקסס, ושירת שם בין 1848 ל-1853. במהלך שנות ה-50 ניסה ג'ונסטון לקבל בחזרה את דרגתו הקודמת, ושלח מכתבים למשרד המלחמה בהם הציע שיינתן לו תפקיד ביחידה קרבית תחת דרגת לוטננט קולונל. מזכיר המלחמה ג'פרסון דייוויס, מכר של גיונסטון מווסט פוינט, דחה הצעות אלה, כפי שעשה לאחר מכן במהלך מלחמת האזרחים, למרבה רוגזו של ג'ונסטון. למרות חילוקי דעות אלה, דייוויס העריך את ג'ונסטון במידה מספקת על מנת למנות אותו ב-1 במרץ 1855 ללוטננט קולונל ביחידה חדשה - רגימנט הפרשים ה-1 בפורט לוונוורת', קנזס, תחת קולונל אדווין סאמנר (Edwin V. Sumner). (באותו זמן מונה רוברט אדוארד לי כלוטננט קולונל ברגימנט הפרשים ה-2 תחת קולונל אלברט סידני ג'ונסטון.) בתפקיד זה השתתף ג'ונסטון במבצעים כנגד שבט הסו בטריטוריית ויומינג (לימימים מדינת ויומינג; שטחים חדשים קיבלו בדרך כלל מעמד של "טריטוריה" ושולבו בהמשך בארצות הברית בבתור מדינות), ובפעולות האיבה סביב עתיד העבדות בטריטוריית קנזס טרם היותה למדינה, פרשה הידועה בשם "קנזס המדממת". הוא פיתח ידידות קרובה ויחסי חונך עם אחד הקצינים הזוטרים שלו, קפטן ג'ורג' מקללן. שנים אחר כך יפגוש ג'ונסטון את מקללן מן העבר השני של המתרס, כגנרל בצבא האיחוד.

בסתיו 1856 הועבר ג'ונסטון לבסיס גיוס (בקו"ם) בג'פרסון באראקס , מיזורי. ב-1857 הוא הוביל משלחת מדידה וסיור על מנת לקבוע את גבולה של קנזס. שנה לאחר מכן הוחלף שר המלחמה דייוויס בג'ון ב' פלויד, יליד אבינגטון ודודן של ג'ונסטון מצד אשתו. פלויד היה אפוטרופוס של פרסטון ג'ונסטון. פלויד העניק לג'ונסטון דרגת יצוג קולונל על פעולותיו בקרב סרו גורדו, קידום אשר עורר מירמור בקרב הצבא עקב העדפת קרובים. בשנת 1859 מינה הנשיא ג'יימס ביוקנן את רוברט מקליין, גיסו של ג'ונסטון, כשגריר למקסיקו, וג'ונסטון נילווה אליו לביקור בוורה קרוז. הוא קיבל גם הוראה לבחון נתיבי תנועה צבאיים למקרה של פעולות איבה נוספות מול מקסיקו.

ב-10 ביוני 1860 נפטר בריגדיר ג'נרל תומאס ג'סופ (Thomas Jesup), שהיה קצין אפסנאות ראשי של צבא ארצות הברית. על וינפילד סקוט היה למנות מחליף, הוא נקב בשמות ארבעה מועמדים במקום אחד: אלברט סידני ג'ונסטון, ג'וזף א' ג'ונסטון, רוברט אדוארד לי, וצ'ארלס פרגוסון סמית' (Charles F. Smith). אף על פי שג'פרסון דייוויס, כעת חבר ועדת הסנאט לעניינים צבאיים, העדיף את אלברט סידני ג'ונסטון, מינה פלויד את ג'וזף א' ג'ונסטון לתפקיד.

ב-28 ביוני 1860 קודם ג'ונסטון לדרגת בריגדיר ג'נרל. ג'ונסטון לא נהנה מתפקידו, בהעדיפו תפקיד שטח על פני עבודת אדמיניסטרציה בוושינגטון. בנוסף, הוא סבל מן הלחצים שהביא עימו הסכסוך המתגבר בין הצפון לדרום, ומן הדילמה המוסרית של ניהול משאבי הצבא אשר יכולים היו להביא תועלת לדרום, מקום מוצאו. למרות זאת, הוא לא נכנע לפיתוי, בניגוד לפלויד אשר הואשם בהטיה לטובת הדרום.

מלחמת האזרחים

מנאסס וסכסוך ראשון עם ג'פרסון דייוויס

כאשר מדינת מוצאו וירג'יניה פרשה מן האיחוד ב-1861, ג'ונסטון התפטר מתפקידו כבריגדיר ג'נרל בצבא הסדיר, הקצין הבכיר ביותר בצבא שעשה כך. בתחילה, ב-4 במאי, הוא מונה למייג'ור ג'נרל במיליציה של וירג'יניה. אולם, שבועיים אחר כך, החליטה ועידת וירג'יניה שרק מייג'ור ג'נרל אחד דרוש למיליציה, ומינתה את רוברט אדוארד לי לתפקיד. לג'ונסטון הוצע מינוי של בריגדיר ג'נרל מטעם מדינת וירג'יניה, אולם הוא סרב, בקבלו במקום זאת ב-14 במאי מינוי של בריגדיר ג'נרל מאת צבא הקונפדרציה. במאי החליף ג'ונסטון את קולונל תומאס "סטונוול" ג'קסון בפיקוד בהארפרס פרי (Harpers Ferry), וביולי ארגן את ארמיית השננדואה.

ב-21 ביולי 1861, בקרב בול ראן הראשון (מנאסס הראשון), הניע ג'ונסטון במהירות את צבאו הקטן מעמק השננדואה על מנת לתגבר את צבאו של בריגדיר ג'נרל פ.ג.ט. בורגארד. אולם, חסרה לו היכרות עם תנאי השטח, ולכן כמחווה מקצועית, הותיר את התכנון הטקטי של הקרב בידיו של בורגארד. באמצע היום, כאשר בורגארד עדיין לא הבין את מהלכיו של צבא האיחוד יריבו, ג'ונסטון החליט שהמיקום המכריע הוא מצפון למפקדה שלו, בגבעת הנרי האוס. הוא הכריז "הקרב שם. אני הולך." בורגארד והמטות של שני הגנרלים קיבלו את החלטתו ורכבו אחריו. בדרך לחזית הוא פגש יחידה מפוררת – רגימנט אלבמה ה-4 – אשר כל קציני השדה שלו נהרגו בקרב, ובאופן אישי כינס אותה ועודד את אנשיה לתגבר את קו החזית של הקונפדרציה. הוא עודד את בריגדיר ג'נרל ברנרד בי המיואש ודחק בו להוביל את אנשיו חזרה אל הקרב. בהמשך שכנע בורגארד את ג'ונסטון שהוא יביא יותר תועלת בארגון הגעת התגבורות להמשך הקרב מאשר במנהיגות טקטית בחזית. אף על פי שבורגארד הצליח לזקוף לזכותו את ההכרה הציבורית בהצלחה, תפקידו של ג'ונסטון מאחורי הקלעים היה קריטי להשגת הניצחון בקרב.

[דירוג גנרלים] זה מבקש להכתים את התהילה המוצדקת לה זכיתי כחייל וכאדם, אשר הושגה במהלך יותר משלושים שנות שירות מפרכות ומסוכנות. יש לי רק זאת, את הצלקות של פציעותי הרבות, אשר הושגו ביושר בחזי ובחזית הקרב, ואת חרב מלחמת העצמאות של אבי. היא הוגשה לי מידו הנערצת של אבי, ללא רבב של קלון. חרב זו עדיין טהורה כמו ביום שעברה מידו לידי. שלפתי אותה בקרב, לא בשביל דרגה או תהילה, אלא כדי להגן על האדמה הקדושה, על הבתים, הנשים והילדים; כן, ועל אנשי אמא וירג'יניה, והדרום מולדתי.

מכתבו של ג'ונסטון לג'פרסון דייוויס, 12 בספטמבר 1861

באוגוסט קודם ג'ונסטון לדרגת גנרל מלא – המקבילה לגנרל ארבעה כוכבים בצבא ארצות הברית המודרני – אולם לא היה מרוצה מכך ששלושה קצינים שהיו זוטרים ממנו ב"צבא הישן" היו עכשיו בכירים ממנו. ג'ונסטון חש כי מכיוון שהוא היה הקצין הבכיר ביותר בצבא ארצות הברית שפרש והצטרף לקונפדרציה, אין זה הוגן שידורג אחרי סמואל קופר , אלברט סידני ג'ונסטון, ורוברט אדוארד לי. מתוך חמשת הגנרלים שמונו באותה עת, רק בורגארד דורג מתחת לג'ונסטון. דבר זה הוביל לאיבה בינו לבין ג'פרסון דייוויס, איבה אשר נמשכה לכל אורך המלחמה. טיעון הנגד של דייוויס היה שתפקידו האחרון של ג'ונסטון היה מינהלי, בעוד תפקידו הקרבי האחרון היה בדרגת לוטננט קולונל; גם אלברט סידני ג'ונסטון וגם רוברט אדוארד לי החזיקו בדרגת קולונל. ג'ונסטון שלח מכתב זועם לדייוויס, אשר נפגע עד כדי כך שמצא לנכון לדון עם הקבינט שלו בנימת המכתב.

ב-21 ביולי 1861 מונה ג'ונסטון לפקד על זירת הפּוֹטוֹמַק ועל ארמיית הפוטומק של הקונפדרציה, וב-22 באוקטובר מונה לפקד גם על זירת צפון וירג'יניה. החורף של 1861–1862 היה שקט יחסית, וג'ונסטון שמפקדתו שכנה בסנטרוויל (Centerville), עסק בעיקר בארגון וציוד ארמיית הפוטמק. הארמייה הצפונית העיקרית שניצבה מולו נקראה גם היא ארמיית הפוטומק, ומפקדה, ג'ורג' ב' מקללן, עסק גם הוא בהצטיידות ואימונים. מקללן העריך שצבאו של ג'ונסטון בעמדותיו המבוצרות חזק הרבה יותר מכפי שהיה בפועל, ולכן תכנן תימרון אמפיבי על מנת לאגף את ג'ונסטון. במאי נודע לג'ונסטון על תוכניותיו של מקללן, והוא נסוג עם צבאו דרומה לעמדות באזור קלפפר

(Culpeper). למהלך זה היו השלכות על שני הצדדים. נשיא הקונפדרציה דייוויס הופתע והתאכזב מן התנועה שלא תואמה מראש, אליה התייחס כ"נסיגה חפוזה." בערך באותו הזמן הצר דייוויס את סמכויותיו של ג'ונסטון על ידי כך שזימן את רוברט אדוארד לי לריצ'מונד על מנת לשמש כיועצו הצבאי, והחל להוציא הוראות ישירות לחלק מן הכוחות שהיו תחת פיקודו של ג'ונסטון. בצד הצפוני הובך מקללן כאשר התברר שכוחו של צבא הדרום היה חלש משמעותית ממה שהעריך. חשוב מכך, נסיגתו של ג'ונסטון אילצה את מקללן לתכנן מחדש את מתקפת האביב שלו, ובמקום לנחות אמפיבית באורבנה (Urbanna), הנקודה המועדפת עליו, הוא בחר בחצי האי וירג'יניה, בין הנהרות ג'יימס ויורק, כזירה שבה יפתח במערכה כנגד ריצ'מונד.

מערכת חצי האי

מערכת חצי האי, מהנחיתה בפורט מונרו ועד קרב סבן פיינס (17 במרץ - 31 במאי 1862).

  הקונפדרציה

  האיחוד

באמצע מרץ נחת מקללן עם חייליו בפורט מונרו , בקצה המזרחי של חצי האי וירג'יניה, ובתחילת אפריל החל לנוע באיטיות מערבה, לכיוון יורקטאון . תוכניתו של ג'ונסטון להגנת ריצ'מונד בירת הקונפדרציה הייתה שנויה במחלוקת. ביודעו שצבאו של מקללן כפול משלו, ובהבינו כי צי האיחוד יוכל לתת סיוע מכל אחד משני הנהרות החובקים את חצי האי, ניסה ג'ונסטון לשכנע את דייוויס ולי לרכז את ההגנה בביצורים סביב ריצ'מונד. הוא לא הצליח לשכנעם, ופרש את רוב כוחו לאורך חצי האי. מקללן השתהה ארוכות בהכנות למצור על יורקטאון, אך ג'ונסטון נסוג משם לפני שהחל המצור, נלחם בקרב הגנה עז בוויליאמסבורג (5 במאי), ולאחר מכן סיכל ניסיון איגוף אמפיבי באלת'מס לאנדינג (7 במאי). לקראת סוף מאי הגיע צבא האיחוד עד מרחק של כ-10 קילומטרים מריצ'מונד.

בהבינו שלא יוכל להגן על ריצ'מונד לנצח מפני כוחות הצפון שנהנו מעדיפות בכוח אדם ובארטילריה, במיוחד בתותחי מצור כבדים, החליט ג'ונסטון לעבור למתקפה. הוא זיהה נקודת תורפה בהיערכות כוחותיו של מקללן, אשר היו מפוצלים על ידי נהר צ'יקהומיני שעלה על גדותיו עקב הגשמים, וסחף את רוב הגשרים שחיברו בין הצד הצפוני של החזית לדרומי. ב-31 במאי תקף ג'ונסטון מדרום לנהר בקרב סבן פיינס. תוכניתו הייתה אגרסיבית, אולם מסובכת מכדי שפקודיו יבצעוה כהלכה, והוא לא וידא שהם מבינים את תוכניתו או פיקח עליה מקרוב. הקרב נגמר ללא הכרעה טקטית ברורה, אולם עצר את התקדמותו של מקללן לעבר ריצ'מונד, והתברר בדיעבר כנקודת השיא בפלישתו של מקללן. אירוע משמעותי בקרב היה פציעתו של ג'ונסטון מרסיס פגז ארטילריה שפגע בחזהו וכתפו הימינית. פציעתו הובילה את דייוויס להעביר את הפיקוד לרוברט אדוארד לי האגרסיבי, אשר הוביל את ארמיית צפון וירג'יניה במהלך יתר המלחמה. לי החל לדחוק את מקללן מחצי האי במהלך קרבות שבעת הימים בסוף יוני, והנחיל תבוסה לכוחות הצפון בקרב בול ראן השני באוגוסט, קרב אשר היווה את השיא במערכת צפון וירג'יניה.

מינוי לפיקוד זירת המערב ומערכת ויקסבורג

ב-24 בנובמבר 1862 שוחרר ג'וסטון טרם הזמן מבית החולים, ומונה כמפקד פיקוד המערב, הפיקוד העיקרי בזירה המערבית. מינוי זה נתן לו שליטה בארמיית טנסי של גנרל ברקסטון בראג ובפיקוד המיסיסיפי ומזרח לואיזיאנה של לוטננט ג'נרל ג'ון ק' פמברטון. (הכוח המשמעותי הנוסף בזירה היה פיקוד הטרנס-מיסיסיפי, אשר בראשו עמד לוטננט ג'נרל תאופיליוס ה' הולמס , שהיה מוצב בעיקר בארקנסו. ג'ונסטון טען לכל אורך תקופת שירותו כי על כוחותיו של הולמס לשתף פעולה עם פמברטון תחת פיקודו של ג'ונסטון, או לכל הפחות לתגבר את כוחותיו של פמברטון, אולם הוא לא הצליח לשכנע את ממשלת הקונפדרציה לנקוט באף אחד מצעדים אלה.)

הנושא הראשון בו היה על ג'ונסטון לטפל בזירת המערב היה גורלו של ברקסטון בראג. ממשלת הקונפדרציה לא הייתה מרוצה מביצועיו של בראג בקרב נהר סטונס , תחושה אשר הייתה גם נחלת חלק ניכר מפקודיו הבכירים. דייוויס הורה על ג'ונסטון לבקר את בראג ולקבוע האים יש להחליפו. ג'ונסטון הבין שאים ימליץ על החלפת בראג, יהיה הוא עצמו הבחירה הגיונית להחליפו. ג'ונסטון העדיף פיקוד קרבי בשדה על פני מינויו האדמיניסטרטיבי הנוכחי, אולם תחושת הכבוד שלו מנעה ממנו להעדיף את טובתו שלו על חשבון בראג. לאחר שראיין את בראג ומספר מן הכפופים לו, הפיק ג'ונסטון דוח חיובי בעיקרו, וסירב להדיח את מפקד הארמייה. בתגובה, זימן דייוויס את בראג לפגישה בריצ'מונד ומינה את ג'ונסטון למפקד בשדה. אולם, אשתו של בראג חלתה אנושות, והוא לא יכול היה לנסוע. בנוסף לכך, בראשית אפריל נפל ג'ונסטון למשכב עקב סיבוכים מן הפציעה שספג במערכת חצי האי, ותשומת לב ממשלת הקונפדרציה עברה מטנסי למיסיסיפי, שם החל גרנט במערכת ויקסבורג השנייה, מה שהותיר את בראג במקומו כמפקד ארמיית טנסי של הקונפדרציה.

מערכת ויקסבורג - מבצעי גרנט כנגד ויקסבורג והמצור על העיר (אפריל-יולי 1863).

  הקונפדרציה

  האיחוד

המשבר העיקרי אל מולו ניצב ג'ונסטון היה להגן על שליטת הקונפדרציה בוויקסבורג, מיסיסיפי, אשר אויימה על ידי כוחות האיחוד בפיקודו של מייג'ור ג'נרל יוליסס גרנט. במהלך חורף 1862–1863 ביצע גרנט מספר תמרונים לא מוצלחים מצפון לעיר המבוצרת, אולם באפריל 1863 פתח במערכה שאפתנית שהחלה בתנועת איגוף ממערב לנהר המיסיסיפי ובצליחה של הנהר מדרום מערב לוויקסבורג. הצליחה ומיקומה הפתיעו את ג'ון ק' פמברטון, וכוחות האיחוד ניהלו מספר קרבות מוצלחים תוך כדי התקדמות לצפון מזרח, אל עבר ג'קסון, בירת מדינת מיסיסיפי. ב-9 במאי הורה שר המלחמה של הקונפדרציה לג'ונסטון "לנוע מיידית אל מיסיסיפי ולתפוס פיקוד על הכוחות בשדה." ג'ונסטון הודיע לריצ'מונד שהוא עדיין לא כשיר מבחינה רפואית, אך יציית לפקודה. כאשר הגיע לריצ'מונד ב-13 במאי לאחר מסע מטנסי, גילה כי אל מול העיר התקדמו שני גייסות של האיחוד, וכי רק 6000 חיילים היו זמינים להגנתה. הוא הורה על פינוי העיר תוך כדי קרב נסיגה (קרב ג'קסון, 14 במאי), ונסוג לכיוון צפון. גרנט כבש את העיר ופנה מערבה לעבר ויקסבורג.

ג'ונסטון החל להניע את כוחותיו מערבה על מנת לחבור אל פמברטון כאשר שמע על תבוסתו של זה בקרב צ'מפיון היל (16 במאי) ובקרב נהר ביג בלאק (17 במאי). הניצולים מן הקרב נסוגו אל תוך ביצורי ויקסבורג. ג'ונסטון דחק בפמברטון להימנע מכיתור ולעזוב את העיר על מנת להתאחד עם כוחותיו, שיחד היו רבים משל גרנט, אולם דייוויס הורה לפמברטון להגן על העיר בעדיפות עליונה. גרנט ביצע שתי התקפות חזיתיות אל מול ביצורי העיר שנכשלו שתיהן, ואז פתח במצור. החיילים והאזרחים הנצורים בעיר חיכו לשווא לכוח הקטן של ג'ונסטון שיבוא לעזרם. עד סוף מאי אסף ג'ונסטון כ-24,000 חיילים אך דרש תגבורות נוספות לפני התקפה על גרנט. הוא שקל להורות לבראג לשלוח תגבורות, אך חשש שדילול כוחו יביא לאובדן טנסי. בתקופה זו תוגברה ארמיית הטנסי של גרנט בכ-30,000 חיילים וכוחו הגיע לכ-77,000 חיילים, מה שאיפס למעשה כל סיכוי לפרוץ את המצור על העיר. פמברטון וחיל המצב בוויקסבורג נכנעו ב-4 ביולי 1863. עם נפילת פורט האדסון שבוע אחר כך עברה השליטה על המיסיסיפי לכול אורכו לידי האיחוד, והקונפדרציה בותרה לשניים. נשיא הקונפדרציה דייוויס כתב כי ויקסבורג נפלה "עקב מחסור באספקה מבפנים, וגנרל מבחוץ [ג'ונסטון] שלא רצה להילחם."

היחסים בין ג'ונסטון לדייוויס, שהיו מתוחים מתחילת המלחמה, הפכו מרים עקב חילופי האשמות פומביים על מי נושא באחריות לכישלון בוויקסבורג. דייוויס שקל לפטר את ג'ונסטון, אולם הוא נותר מפקד אהוב על ידי חייליו וקצין פופולרי, והיו לו בני ברית פוליטיים בריצ'מונד, במיוחד הסנטור לואיס ויגפול (Louis Wigfall). במקום זאת צבאו של בראג נותק מפיקודו של ג'ונסטון, מה שהותיר בשליטתו את אלבמה ומיסיסיפי בלבד.

בזמן השלבים האחרונים של המצור על ויקסבורג, החל מייג'ור ג'נרל ויליאם רוזקרנס מן האיחוד במערכת טולהומה, ובתוך עשרה ימים דחק את צבאו של בראג ממרכז טנסי, ולאחר מכן מן העיר האסטרטגית צ'טנוגה. בראג השיג ניצחון משמעותי מול רוזקרנס בקרב צ'יקמוגה (19–20 בספטמבר), אולם הובס בידי גרנט במערכת צ'טנוגה בנובמבר. עקב התבוסה התפטר בראג מפיקוד על ארמיית טנסי ונסע לריצ'מונד לשמש יועץ צבאי לנשיא. דייוויס הציע את הפיקוד לוויליאם הארדי (William Hardee), מפקד הגייס הבכיר, אולם הוא סירב. דייוויס שקל את מינויו של פ.ג.ט. בורגארד, עוד גנרל עימו היו לו יחסים רעועים, ואת רוברט אדוארד לי, אשר סירב לעזוב את וירג'יניה. לי המליץ בתחילה על בורגארד, אולם כאשר ראה את חוסר הנוחות של הנשיא מהצעה זו, שינה את המלצתו לג'ונסטון. לאחר לבטים קשים, ב-27 בדצמבר 1863, מינה דייוויס את ג'ונסטון למפקד ארמיית טנסי, בדאלטון, ג'ורג'יה.

מערכת אטלנטה

מערכת אטלנטה מדלטון ועד קנסו מאונטיין.

  הקונפדרציה

  האיחוד

באביב 1864 התקדם מייג'ור ג'נרל ויליאם שרמן מן האיחוד עם קבוצת ארמיות מצ'טנוגה לאטלנטה. אל מול התקדמותו של שרמן ביצע ג'ונסטון סידרה של נסיגות, בדומה לאסטרטגיה שנקט במערכת חצי האי. הוא בנה עמדות הגנה חזקות, רק כדי לראות את שרמן מאגף אותן במומחיות ומכריח אותו לסגת לקו הגנה אחורי יותר בכיוון אטלנטה. ג'ונסטון בחר בשימור צבאו כערך עליון, ולכן נקט בגישה זהירה מאוד. הוא ניהל את צבאו היטב, האט את התקדמות צבא האיחוד, והנחיל יותר אבדות מאשר ספג.

שרמן פתח במערכת אטלנטה ב-4 במאי. ארמיית טנסי של ג'ונסטון לחמה בקרבות הגנה ברוקי פייס רידג' בדרכי הגישה אל דלטון, אשר פונתה ב-13 במאי, ונסוגה 12 מייל דרומה אל רסאקה (Resaca), שם בנתה עמדות הגנה. אולם, לאחר קרב קצר, ויתר ג'ונסטון על המשך המאבק ונסוג מרסאקה ב-15 במאי. ג'ונסטון ריכז כוחות למען התקפה בקאסוויל (Cassville). בעוד חייליו מתקדמים, הופיע במפתיע כוח אויב בגודל לא ידוע באגפו הימני. התקלויות ראשוניות החלו, והאיום הכריח את מפקד הגייס, לוטננט ג'נרל ג'ון בל הוד (John Bell Hood), לעצור את ההתקדמות ולמקם מחדש את הכוחות על מול האיום המפתיע מן האגף. בעקבות האיום הבלתי צפוי, ביטל ג'ונסטון את ההתקפה וחידש את הנסיגה. ב-20 במאי נסוגו כוחותיו עוד 8 מייל דרומה אל קרטרסוויל (Cartersville). חודש מאי 1864 הסתיים כאשר כוחות האיחוד ניסו לבצע תנועת איגוף הרחק מקו הרכבת שתיספק אותם, אך נתקעו אל מול ההגנה העזה של כוחות הקונפדרציה בקרב ניו הופ צ'רץ' ב-25 במאי, קרב פיקט'ס מיל ב-27 במאי, ובקרב דאלאס ב-28 במאי.

ביוני המשיכו כוחותיו של שרמן לתמרן באזור דרכי הגישה הצפוניות לאטלנטה, וב-22 ביוני התלקח קרב קולב'ס פארם, ומייד אחריו ב-27 ביוני פרץ קרב קנסו מאונטיין, שבו בפעם הראשונה (והיחידה) תקף שרמן התקפה חזיתית את הביצורים שהכין ג'ונסטון, מתקפה אשר נהדפה תוך ספיגת אבדות כבידות. עם זאת, בשלב הזה כבר היו כוחות האיחוד במרחק 27 קילומטר מאטלנטה, ואיימו על העיר מצפון ומערב. במהלך חודשיים נסוג ג'ונסטון לאורך 175 קילומטרים של שטח הררי נוח להגנה, בעוד הממשל בווירג'יניה הופך מתוסכל ומודאג. כאשר נסוג ג'ונסטון אל מעבר לנהר הצ'טאהוצ'י, המכשול הטבעי האחרון לפני אטלנטה, איבד נשיא הקונפדרציה דייוויס את סבלנותו.

בתחילת יולי שלח דייוויס את ברקסטון בראג לאטלנטה על מנת לאמוד את המצב. לאחר מספר פגישות עם מנהיגים אזרחיים ופקודיו של ג'ונסטון, חזר בראג לריצ'מונד ודחק בדייוויס להחליף את ג'ונסטון. ב-17 ביולי 1864, בפאתי אטלנטה, הדיח דייוויס את ג'ונסטון מתפקידו. במקומו מינה את לוטננט ג'נרל ג'ון בל הוד, אשר בחיקו נותרה המשימה הבלתי אפשרית להגן על אטלנטה, אותה נאלץ לנטוש בספטמבר. החלטתו של דייוויס להדיח את ג'ונסטון הייתה אחת השנויות במחלוקת בכל המלחמה. בניגוד לג'ונסטון השקול והזהיר, היה ג'ון בל הוד קצין אגרסיבי, תוקפני, אך נמהר. הוא נטש את אסטרטגיית הנסיגה וההשהיה שבה נקט ג'ונסטון, והוביל את ארמיית טנסי של הקונפדרציה למתקפה על עורף מערכי האיחוד במערכת פרנקלין-נאשוויל, שם נחל תבוסה מוחצת אשר מחקה צבאו ככוח לוחם. העדר כוחות קונפדרציה מאורגנים בג'ורג'יה והקרוליינות פתחה בפני שרמן את האפשרות להתקדמות מהירה לסוואנה (הצעדה אל הים) ומשם צפונה אל הקרוליינות.

קרוליינה הצפונית וכניעה בבנט פלייס

מערכת הקרוליינות.

  הקונפדרציה

  האיחוד

ג'ונסטון נסע לקולומביה בקרוליינה הדרומית, והתכונן לצאת לגמלאות. אולם, בעוד שהקונפדרציה הפכה מודאגת מן הצעדה אל הים של שרמן, ולאחר מכן מסעו צפונה דרך הקרוליינות, עלו קריאות מן הציבור להחזרת ג'ונסטון אל תפקידו. פ.ג.ט. בורגארד, הגנרל האחראי על זירת המערב, הראה התקדמות מועטה מאוד בבלימת כוחות האיחוד. יריבים פוליטיים של ג'פרסון דייוויס, כגון הסנטור לואיס ויגפול, הוסיפו ללחץ בתוך הקונגרס. מרי צ'סנאט, אשר תיעדה ביומנה את מאורעות המלחמה, כתבה "חשבנו כי זה מאבק לעצמאות. כעת נדמה כי זה רק קרב בין ג'ו ג'ונסטון וג'ף דייוויס." בינואר 1865 העביר הקונגרס חוק המעניק לרוברט אדוארד לי את סמכויות הגנרל המפקד, והמליץ להחזיר את ג'ונסטון לפיקוד על ארמיית טנסי. דייוויס מינה מיד את לי לתפקיד, אולם סירב להחזיר את ג'ונסטון לתפקידו. בתזכיר ארוך שלא פורסם כתב דייוויס "דעתי על חוסר התאמתו של ג'ונסטון לפיקוד הבשילה לאט, בניגוד לנטייתי, אל אמונה כה מוצקה עד שיהיה זה בלתי אפשרי מבחינתי לבטוח בו שוב כמפקד צבא כלשהו בשדה." סגן הנשיא אלכסנדר סטפנס (Alexander H. Stephens) ביחד עם 17 סנטורים עתרו לרוברט אדוארד לי על מנת שינצל את סמכותו החדשה על מנת למנות את ג'ונסטון תוך עקיפת הנשיא, אולם הוא סירב. במקום זאת, הוא המליץ לדייוויס למנותו.

למרות הסתגיותיו הקשות, החזיר דייוויס את ג'ונסטון לשירות פעיל ב-25 בפברואר 1865. תחת אחריותו היו שני מחלקות: מחלקת קרוליינה הדרומית, ג'ורג'יה ופלורידה, ומחלקת קרוליינה הצפונית ודרום ג'ורג'יה; הוא קיבל פיקוד על האחרון ב-6 במרץ. מחלקות אלה כללו שלוש ארמיות, ובכללן את שארית ארמיית טנסי העוצמתית בעבר, אולם היו אלה ארמיות בתואר בלבד. ארמיית טנסי נשחקה עד דק במערכת פרנקלין-נאשוויל, וחסרה ציוד ואספקה. אנשיה לא קיבלו את שכרם במשך חודשים, ורק כ-6,600 היגיעו לקרוליינה הדרומית. בשירות ג'ונסטון היו גם כ-12,000 איש תחת ויליאם הארדי , אשר ניסו ללא הצלחה לבלום את התקדמותו של שרמן, את כוחו של ברקסטון בראג שחשב בווילמינגטון, קרוליינה הצפונית, וכ-6,000 פרשים תחת וייד המפטון .

ג'ונסטון, שהיה בנחיתות מספרית עצומה, קיווה לאחד כוחות עם חלק מכוחותיו של רוברט אדוארד לי אשר ניצבו בווירג'יניה, להביס ביחד את שרמן, ואחר כך לפנות חזרה לווירג'יניה ולהתמודד עם גרנט. לי סירב בתחילה לשתף פעולה עם התוכנית. (לאחר נפילת ריצ'מונד באפריל ניסה לי להימלט לקרוליינה הצפונית ולאחד כוחות עם ג'ונסטון, אולם אז כבר היה מאוחר מדי.) בהבינו כי שרמן נע במהירות, תכנן ג'ונסטון לאחד את הארמיות הקטנות שלו כח שיוכל להנחית מכה אל מול חלק מבודד מכוחותיו של שרמן, אשר התקדם בשני ראשים נפרדים. ב-19 במרץ 1865 הצליח ג'ונסטון להפתיע את האגף השמאלי של שרמן בקרב בנטונוויל, ונחל הצלחה טקטית ראשונית. עם זאת כוחות האיחוד העדיפים מספרית אילצו אותו לבסוף לסגת אל ראלי, בירת קרוליינה הצפונית. כיוון שלא יכול היה להגן על הבירה, נסוג אל גרינסבורו.

כניעתו של ג'ונסטון ליד גרינסבורו, ליתוגרפיה מאת קורייר ואייבס.

לאחר שנודע לו על כניעתו של רוברט אדוארד לי באפומטוקס קורט האוס ב-9 באפריל, הסכים ג'ונסטון להפגש עם גנרל שרמן בין קווי החזית, בחווה קטנה שנודעה בשם בנט פלייס, סמוך לאן ששוכנת היום העיר דרהאם, בקרוליינה הצפונית. לאחר שלושה ימים של משא ומתן (ב-17, 18, ו-26 באפריל), הסכים ג'ונסטון לכניעת ארמיית הטנסי וכל הכוחות הסרים למרותו בקרוליינה הצפונית, קרוליינה הדרומית, ג'ורג'יה, ופלורידה. הייתה זו הכניעה הגדולה ביותר במלחמה, וכללה 98,270 חיילים. הנשיא דייוויס חשב שג'ונסטון ביצע מעשה בגידה כיוון שנכנע עם כל כך הרבה חיילים שלא הובסו באופן מפורש בקרב. ג'ונסטון קיבל חנינה ב-2 במאי בגרינסבורו.

לאחר הכניעה היקצה שרמן עשרה ימים של מנות קרב לחיילי הקונפדרציה הרעבים, ואישר להם גם לקחת עימם את הסוסים והפרידות, על מנת שיוכלו לשוב ולעבד את אדמתם. הוא הורה גם על חלוקת תירס, סובין, וקמח לאזרחים ברחבי הדרום. היה זה מעשה נדיבות שג'ונסטון לא שכח מעולם; הוא כתב לשרמן שהתנהגותו "פִּיְיסָה במעט את מה שקודם חשבתי שהוא האסון של חיי, זאת שנאלצתי להתמודד מולך בשדה הקרב."

לאחר המלחמה

ג'ונסטון נאבק לפרנס את עצמו ואת אשתו, אשר נפלה למשכב. הוא התמנה לנשיא קו רכבת קטן, "חברת הרכבות של אלבמה ונהר טנסי" , אשר בתקופתו בתפקיד שינתה את שמה ל"קו הרכבת של סלמה, רומא, ודלטון" . ג'ונסטון השתעמם בתפקיד זה, והחברה כשלה בגלל העדר מימון. בשנת 1868 הוא הקים חברת ביטוח בסוואנה, ג'ורג'יה, יִצג כסוכן את חברת הביטוח "ליברפול את לונדון את גלוב", וארבע שנים אחר כך כבר הייתה לו רשת של 120 סניפים ברחבי הדרום העמוק.

ההכנסה ממיזם זה אפשרה לו להקדיש את זמנו לעסוקו העיקרי אחרי המלחמה, כתיבת זיכרונותיו, כמו שעשו רבים מעמיתיו הקצינים. סיפרו ‏Narrative of Military Operations‏ (1878) מתח ביקורת חריפה על הנשיא דייוויס ועל רבים מעמיתיו הגנרלים. הוא חזר על עלבונו בדבר דרגתו בצבא בקונפדרציה, וניסה להצדיק את פעולותיו כמנהיג צבאי זהיר. מכירות הספר היו דלות, והמוציא לאור לא ראה ממנו רווח.

אף על פי שרבים מן הגנרלים של הקונפדרציה מתחו ביקורת על ג'ונסטון, דווקא שרמן וגרנט התייחסו אליו בחיוב בזיכרונותיהם. שרמן תיאר אותו כיריב מסוכן וערמומי, ומתח ביקורת על אויביו ג'פרסון דייוויס וג'ון בל הוד. גרנט תמך בהחלטות שקיבל ג'ונסטון במערכת ויקסבורג: "ג'ונסטון הבין את המצב לאשורו, ובחוכמה, לדעתי, נמנע מלתקוף אותנו, מכיוון שזה היה מוביל לאבדות לשני הצדדים בלא להוביל לשום תוצאה." בנתחו את מערכת אטלנטה, כתב גרנט:

"מבחינתי, אני חושב שהטקטיקות של ג'ונסטון היו נכונות. כל דבר שהיה יכול להאריך את המלחמה בשנה מעבר למועד בה הסתיימה, נראה שהיה מתיש את הצפון במידה כזאת שייתכן והם היו מוותרים על המשך המאבק ומסכימים לפשרה."

ג'ונסטון עבר מסוואנה לריצ'מונד בחורף 1876–1877. הוא שירת בבית הנבחרים ה-46 בין 1879 ל-1881 מטעם המפלגה הדמוקרטית. הוא לא רץ לכהונה נוספת. הוא מונה לנציב מסילות הרכבת בממשלו של הנשיא גרובר קליבלנד. לאחר שנפטרה אשתו בשנת 1887, החל ג'ונסטון לנסוע לעיתים קרובות למפגשים של ותיקי קרבות, שם תמיד התקבל בתשואות. הוא היה חבר של כבוד בעמותת "בני המהפכה האמריקנית" מטעם מחוז קולומביה, ומונה לחבר לאומי בעמותה בשנת 1963.

ג'ונסטון, כמו רוברט אדוארד לי, לא שכח את גדלות הנפש של האיש לו נכנע. הוא מעולם לא הרשה לביקורת על שרמן להישמע בנוכחותו. שרמן וג'ונסטון התכתבו לעיתים קרובות, ונפגשו לארוחות ערב ידידותיות כל עת שג'ונסטון ביקר בוושינגטון. כשמת שרמן, שימש ג'ונסטון כנושא ארונו בהלוויה. ב-19 פברואר 1891, במהלך תהלוכת ההלוויה בעיר ניו יורק, הסיר גונסטון את כובעו כמחווה של כבוד למת, אף על פי שמזג האוויר היה קר וגשום. מישהו אשר היה מודאג מבריאותו ביקש ממנו לחבוש את כובעו, וג'ונסטון ענה לו, "אם אני הייתי במקומו והוא במקומי, הוא לא היה חובש את כובעו." באותו יום חלה ג'ונסטון בהצטננות, אשר הסתבכה לדלקת ריאות. ג'ונסטון נפטר כמה שבועות אחר כך מסיבוכי דלקת הריאות, בוושינגטון הבירה. הוא נטמן לצד אשתו, בבית הקברות גרין מאונט, בעיר בולטימור, מרילנד.

הנצחה ומורשת

כתביו של ג'ונסטון שמורים בספריית ארל גרג סוום בקולג' על שם ויליאם ומרי .

• יד זיכרון לג'ונסטון נחנכה בדלטון, ג'ורג'יה, בשנת 1912.
• ב-20 במרץ 2010 הוצב פסל ברונזה של ג'ונסטון באתר קרב בנטונוויל, בקרוליינה הצפונית.
• במלחמת העולם השנייה, צי ארצות הברית קרא ספינה מסוג ליברטי (מספר 113) על שם ג'ונסטון.

• 
  ג'וזף א' ג'ונסטון ורוברט א' לי אחרי המלחמה, 1869–1870.
• 
  יד זיכרון לג'ונסטון בדלטון, ג'ורג'יה, היכן שקיבל פיקוד על ארמיית טנסי של הקונפדרציה.
• 
  פסל של ג'ונסטון באתר קרב בנטונוויל, קרוליינה הצפונית.

לקריאה נוספת

• Ballard, Michael B. Vicksburg, The Campaign that Opened the Mississippi. Chapel Hill: University of North Carolina Press, 2004. ISBN 978-0-8078-2893-9.
• Chesnut, Mary, Diary of Mary Chesnut. Fairfax, VA: D. Appleton and Company, 1905. OCLC: 287696932.
• Eicher, John H., and David J. Eicher, Civil War High Commands. Stanford: Stanford University Press, 2001. ISBN 978-0-8047-3641-1.
• Flood, Charles Bracelen. Grant and Sherman: The Friendship That Won the Civil War. New York: Farrar, Straus and Giroux, 2005. ISBN 978-0-374-16600-7.
• Symonds, Craig L. Joseph E. Johnston: A Civil War Biography. New York: W. W. Norton, 1992. ISBN 978-0-393-31130-3.
• Wasiak, Joseph E., Jr. "A Failure in Strategic Command: Jefferson Davis, J. E. Johnston and the Western Theater." US Army War College, Carlisle Barracks, Pennsylvania. 1998.
• Woodworth, Steven E.. Jefferson Davis and His Generals: The Failure of Confederate Command in the West. Lawrence: University Press of Kansas, 1990. ISBN 0-7006-0461-8.

קישורים חיצוניים

מדיה וקבצים בנושא ג'וזף א' ג'ונסטון בוויקישיתוף

• ערך על ג'וזף א' ג'ונסטון באנציקלופדיה וירג'יניה (באנגלית).
• מאמר על ג'וזף א' ג'ונסטון באתר ‏CivilWarHome‏ (באנגלית).
• קונגרס ארצות הברית. "ג'וזף א' ג'ונסטון", במדריך הביוגרפי של קונגרס ארצות הברית (Biographical Directory of the United States Congress).
• תכתובות של ג'וזף א' ג'ונסטון במהלך מלחמת האזרחים האמריקנית, באוסף המיוחד של וולטר האבינגהרסט ‏Walter Havighurst Special Collections‏, אוניברסיטת מיאמי.
• ג'וזף א' ג'ונסטון, באתר "Find a Grave" (באנגלית)
• ג'וזף א' ג'ונסטון, באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית)