בוני ברגר

בוני ברגר
לידה	המאה ה־20
ענף מדעי	מדעי האינפורמציה, מדעי המחשב
מקום לימודים	המכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס; אוניברסיטת ברנדייס ;
מנחה לדוקטורט	סילביו מיקאלי
מוסדות	המכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס
תלמידי דוקטורט	ליאור פכטר, Manolis Kellis, Philip H. Bradley, Michael Hartmann Baym, Charles William O'Donnell, Rohit Singh, Nathan Patrick Palmer, Patrick Raphael Schmid, Leonid Chindelevitch, Luke Alexander Daysh Hutchison, Gopal Ramachandran, Allen Bryan, Matthew Ewald Menke, Arthur Dong, Serafim Batzoglou, Mona Singh, George Tucker, Caroline Esther Jesurum, Alex Coventry, Russell Schwartz, Ethan Wolf, Yun William Yu
פרסים והוקרה	עמית החברה למתמטיקה תעשייתית ושימושית (2022); חברת האקדמיה הלאומית למדעים (2020); הרצאת סופיה קובלבסקיה (2020); ISCB Senior Scientist Award (2019); עמית האגודה האמריקאית למתמטיקה (2019); עמית המכון האמריקאי להנדסה ביולוגית ורפואית (2016); עמית ISCB (2012); עמיתת האקדמיה האמריקאית לאמנויות ולמדעים (2012); עמית ACM (2003); Margaret Oakley Dayhoff Award (1997); Machtey Award (1989) ;

בוני אן ברגר (באנגלית: Bonnie Anne Berger; נולדה ב-1 בנובמבר 1961) היא מדענית מחשב ומתמטיקאית אמריקנית, פרופסור למתמטיקה במכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס (MIT), במינוי משותף במדעי המחשב והנדסת חשמל. תחומי העבודה שלה עוסקים בעיצוב אלגוריתמים למטרת פענוח מידע ביולוגי ולהשגת תובנות ביולוגיות מכמויות מידע עצומות^[1]. ברגר עובדת כראש קבוצת מחשוב וביולוגיה במעבדת מדעי המחשב והבינה המלאכותית של MIT (אנ'). בנוסף לכך, היא חברת מועצה במדור המתמטיקה באגודה האמריקאית לקידום המדע (AAAS). השתתפה בכתיבה של למעלה מ-140 מאמרי מחקר מדעיים^[2], תרמה רבות לתחומי הביו-רפואה, הגנומיקה והביולוגיה החישובית, באמצעות חידושים אלגוריתמיים. נבחרה לכהן בתפקידים רבים בעקבות בקיאותה בתחום, ועל הישגיה זכתה בפרסים רבים.

קורות חיים

ברגר נולדה ב־1961 וגדלה במיאמי, פלורידה, עם הוריה ואחיה הגדול. גילתה חיבה למתמטיקה עוד מילדותה ואהבה לפתור עם אביה בעיות מתמטיות, חידות שחמט ופאזלים^[3].

החלה את לימודיה האקדמיים באוניברסיטת ברנדייס, שם קיבלה תואר ראשון במדעי המחשב ב-1983^[2]. עברה ללמוד ב-MIT, שם קיבלה תואר שני במדעי המחשב ב-1986. המשיכה את לימודיה ב-MIT וב-1990 קיבלה את תואר דוקטור במדעי המחשב, בהנחייתו של סילביו מיקאלי. סיימה פוסט דוקטורט במתמטיקה שימושית ב-MIT ב־1992. היא זכתה במספר פרסים לאורך לימודיה.

במהלך לימודיה ב-MIT ברגר התחתנה עם פרופסור למתמטיקה שימושית, פרנק ט. לייטון, ולזוג שני ילדים. תחומי העניין של ברגר מחוץ לעבודה הם ילדיה, טניס ושחייה. היא מתגוררת עם משפחתה בניוטון, מסצ'וסטס.

פעילות מחקרית

בשנת 1992 הצטרפה לסגל האקדמי של MIT ובשנת 2002 מונתה לפרופסור.^[4] מחקרה עוסק בעיקרו בתחום הגנומיקה (תחום בגנטיקה החוקר את הגנומים בגוף חי) וביישומים של טכניקות מתמטיות לבעיות בביולוגיה מולקולרית. הבעיות שברגר חוקרת קשורות בעיקרן לניתוח נתונים בביולוגיה וגנומיקה^[1]. מחקריה פורסמו בכתבי עת מדעיים, כגון סיינס^[5](Science).

בין השנים 2012–2018 הייתה חברה בקבוצה שחקרה גנומיקה חישובית. המחקרים עסקו בפיתוח פרוטוקול לניתוח גנום בקנה מידה גדול תוך שמירת הסודיות של גנוטיפים ופנוטיפים. הוכח שהפרוטוקול יכול לנתח מידע מיותר ממיליון איש תוך זמן קצר. השיטה מאפשרת לאנשים לתרום את הגנום שלהם למחקר מבלי לוותר על פרטיותם^[2].

בין השנים 2013–2015 פרסמה מספר מאמרים בנושא גנטיקה של אוכלוסיות. המחקרים עוסקים בפיתוחים סטטיסטים ואלגוריתמים בכדי לשפר את הכוח והמהירות של מבחני אסוציאציה. בכדי להדגים את השיפור, קבוצת המחקר ניתחה נתונים בגנום רחב שנדגם מ-56 אוכלוסיות. המחקר הראה כי כל קבוצות דרום מזרח אסיה שנבדקו, קשורות קשר הדוק יותר לאבוריג'ינים, יותר מאשר לכל אוכלוסייה מרכזית כיום ובכך סייעו לפתור שאלה במוצאם של אנשי דרום מזרח אסיה^[6].

בין השנים 2018–2021 פרסמה מאמרים הקשורים לגנומיקה של תא בודד. המאמרים עסקו בפיתוח אלגוריתמים העובדים על למידת מכונה עבור הדמיה ופיתוח גאומטרי של רצפי RNA^[6].

תפקידים ועמדות

1992-1990 מלגת מחקר לפוסט דוקטורט במתמטיקה שימושית מ-NSF.
1992–1993 מכון רדקליף באנטינג, חוקרת מדע.
1992 חברה במדעי המחשב ומעבדת הבינה המלאכותית (CSAIL), MIT.
1992–1997 מרצה בכירה למתמטיקה שימושית, MIT.
1997–2002 פרופסור חבר למתמטיקה שימושית, MIT.
2002 פרופסור למתמטיקה יישומית, MIT.
2004–2012 פקולטה משותפת, אוניברסיטת הרווארד–MIT מדעי בריאות וטכנולוגיה (HST).
2004 פקולטה משולבת, ביולוגיה חישובית ומערכות (CSBI) ב-MIT.
2008 ועד המשגיחים של בת' ישראל והוועדה המייעצת הרפואית.
2010 מינוי משותף, מחלקת הנדסת חשמל ומדעי מחשב, MIT.
2010 חבר עמית, המכון הרחב של MIT והרווארד.
2012 סגל מתקשר, בית הספר לרפואה של הרווארד.
2014 חברת סגל, הרווארד-MIT מדעי בריאות וטכנולוגיה.
2015 חבר, המרכז עבור Informatics microbiome וטיפול.
2016 סימונס פרופסור למתמטיקה, MIT.
2018–2019 ראש ביניים של מתמטיקה שימושית, MIT.

פרסים והוקרות

1990 תזת הדוקטורט זכתה לפרס ג'ורג' ספרוול על המחקר הטוב ביותר במדעי המחשב.
1995–1998 פרס קריירה מהקרן הלאומית למדע (NSF).
1999 פרס דיווף של החברה הביופיזית למחקר (פרס אחד בשנה).
1999 פרס טכנולוג'י רוויו (Technology Review) עבור 100 חדשנים צעירים למאה ה-21.
2004 נבחרה כחברת ה-ACM.
2010 פרס מבחן הזמן עבור "קיפול חלבון במודל HP הוא NP מלא" מ-"RECOMB".
2012 פרס מרגרט פיטמן מהמכונים הלאומיים לבריאות (NIH) עבור הישגים מדעיים מצטיינים & מרצות.
2012 נבחרה כעמיתת החברה הבינלאומית לביולוגיה חישובית (ISCB).
2013 נבחרה לאקדמיה האמריקאית לאמנות ולמדעים.
2013 פרס אוניברסיטת ברנדייס לבוגרים הישגים.
2015 דוקטור לשם כבוד מ-EPFL.
2016 נבחרה למכון האמריקאי להנדסה רפואית וביולוגית (AIMBE).
2019 פרס מבחן הזמן על פיתוח אלגוריתם Isorank מ-"RECOMB".
2019 נבחרה כעמית של האגודה האמריקאית למתמטיקה (AMS).
2019 פרס מדען בכיר מ-ISCB (פרס 1 בשנה מ-2003).
2020 פרס סוניה קובלבסקי מ-AWS/SIAM. 2020 נבחרה כחברה באקדמיה הלאומית למדעים (NAS)

קישורים חיצוניים

מדיה וקבצים בנושא בוני ברגר בוויקישיתוף

בוני ברגר, באתר פרויקט הגנאלוגיה במתמטיקה
בוני ברגר, באתר dblp
בוני ברגר, באתר גוגל סקולר

Bonnie Berger, CSAIL
Bonnie Berger, MIT Mathematics

הערות שוליים

^ ¹ ² Bonnie Berger, Bonnie A. Berger ’83 (עמ' 1), Board of Trustees, ‏April 2018 (באנגלית)
^ ¹ ² ³ Bonnie Berger, Biographical Information, Professor Bonnie Berger, ‏2021
^ Christiana N Fogg, Ron Shamir, Diane E Kovats, Bonnie Berger named ISCB 2019 ISCB Accomplishments by a Senior Scientist Award recipient, ISBC, ‏10 June 2019
^ Bonnie Berger, MIT Mathematics
^ THE MODENCODE CONSORTIUM, SUSHMITA ROY, Bonnie Berger, Identification of Functional Elements and Regulatory Circuits by Drosophila modENCODE, Science
^ ¹ ² Bonnie Berger - Biographical sketch

ֿֿ

[:02-1] ¹ ² Bonnie Berger, Bonnie A. Berger ’83 (עמ' 1), Board of Trustees, ‏April 2018 (באנגלית)

[:12-2] ¹ ² ³ Bonnie Berger, Biographical Information, Professor Bonnie Berger, ‏2021

[3] Christiana N Fogg, Ron Shamir, Diane E Kovats, Bonnie Berger named ISCB 2019 ISCB Accomplishments by a Senior Scientist Award recipient, ISBC, ‏10 June 2019

[4] Bonnie Berger, MIT Mathematics

[5] THE MODENCODE CONSORTIUM, SUSHMITA ROY, Bonnie Berger, Identification of Functional Elements and Regulatory Circuits by Drosophila modENCODE, Science

[:1-6] ¹ ² Bonnie Berger - Biographical sketch

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]