סלובקיה הייתה חלק מצ'כוסלובקיה בשנים 1918–1939 ו-1945–1993. האליפות הסלובקית הראשונה "Zväzové Majstrovstvá Slovenska" נערכה בין קבוצות סלובקיות (1925–1933). עד 1935/36 אף קבוצה סלובקית לא שיחקה בליגה הצ'כוסלובקית (המקצוענית הממלכתית). במהלך הכיבוש הגרמני בצ'כוסלובקיה, מועדונים צ'כיים וסלובקים התחרו בתחרויות נפרדות משלהם. המועדון הסלובקי היחיד בליגה, SK ברטיסלאבה, הורחק מהליגה והצטרף לליגה סלובקית חדשה, ליגה סלובנסקה (1939–1945), ברפובליקה הסלובקית החדשה.
אחרי פירוק צ'כוסלובקיה ב-1993, הכריזה סלובקיה על עצמאותה בין היתר גם בתחום הספורט וההתאחדות הסלובקית החלה לקיים תחרות נפרדת במדינה, וליגת העל הצ'כוסלובקית למעשה פורקה ל-2 ליגות עצמאיות: ליגת העל הצ'כית וליגת העל הסלובקית.
בתחילה היו בליגה 12 קבוצות, ובשנת 1996 היא הורחבה ל-16 קבוצות. החל משנת 2000 היו בליגה 10 קבוצות, אך בתום עונת 2005/2006 עלו שלוש קבוצות לליגה הבכירה וירדה קבוצה אחת, והליגה הורחבה שוב ל-12 קבוצות.