מורטון נבחר לראשונה לבית הנבחרים בשנת 1879. כהונתו, מטעם המפלגה הרפובליקנית, נמשכה עד להתפטרותו בשנת 1881. שנה קודם לכן הוא סירב לבקשתו של ג'יימס גרפילד להתמודד עמו בבחירות כמועמד לסגן הנשיא. מורטון נשלח, לבקשתו, לשמש כציר של ארצות הברית בצרפת. באופן אירוני, הנשיא גרפילד, שמורטון בחר שלא להיות סגנו, נרצח בשנת 1881 על ידי צ'ארלס גיטו – אשר ביקש להתמנות לציר בצרפת בעצמו. כהונתו בצרפת נמשכה עד לשנת 1885 ונחשבה למוצלחת ביחס לפיתוח המסחר בין המדינות. בתקופה זו החלה בצרפת בנייתו של פסל החירות.
בשנים 1889 – 1893 היה מורטון סגן נשיא ארצות הברית תחת כהונתו של הנשיא בנג'מין הריסון. לאחר מכן נבחר בשנת 1895 למושל ניו יורק, תפקיד בו הוא כיהן כשנה. בשנת 1896 נשקלה מועמדותו לנשיאות ארצות הברית, אך לאחר מכן חדל מורטון מפעילות ציבורית והתפנה לעסוק בנדל"ן.