ב-1985 נבחר סג'אד כחבר בסנאט של פקיסטן מטעם מפלגת הליגה המוסלמית ומספטמבר 1986 ועד דצמבר 1988 שימש כשר המשפטים. עם סיום תפקידו הוא נבחר לתפקיד יושב ראש הסנאט וכיהן בתפקיד זה עד 1997. בתקופה זו הוא כיהן כממלא מקום נשיא פקיסטן בשתי תקופות כהונה קצרות בלתי רצופות לאחר התפטרויותיהם של ע'ולאם איסחאק ח'אן ושל פארוק לע'ארי ועד לבחירת נשיא קבוע לתפקיד. ב-1999 הצטרף סג'אד לקבוצה שתמכה בהפיכה הצבאית של הגנרלפרבז מושארף וב-2003 היה למנהיג סיעת הממשלה בסנאט עד לפרישתו מהחיים הפוליטיים ב-2008. בין השנים 2010 – 2012 הוא נבחר שוב לסנאט וכיהן כמנהיג סיעת האופוזיציה בסנאט. מאז פרישתו הסופית מהחיים הפוליטיים הוא משמש כנשיא האוניברסיטה הלאומית למחשבים ולמדעים.
ב-2002 הואשם סג'אד בשימוש בלתי ראוי בכלי רכב ובטלפונים של המדינה בעלות של מיליוני רופי פקיסטני. במשפטו הוא נדון לתשלום קנס אך לא נגזרה עליו תקופת מאסר.